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Microbiote des plantes

Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement).
On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Taille et diversité des organismes du sol.
Trois photographies diachroniques (2002, 2006 et 2015) montrant la croissance de saules et peupliers (espèces pionnières) au bord de la rivière Snoqualmie (Ouest de l’État de Washington), sur bancs de galets et sables. Ces arbres poussent spontanément et vigoureusement bien que situés sur un substrat oligotrophe et carencé en azote.
Sharon L. Doty et al., dans une étude de 2016[1] montrent qu'une part du microbiote est formé non pas de bactéries et champignons rhizosphériques mais de bactéries endophytes diazotrophes de l'intérieur des branches, qui aident efficacement à capter l'azote ambiant (et non directement bioassimilable par les végétaux).

Le microbiote des plantes, appelé aussi phytobiote, est le microbiote constitué de la communauté de micro-organismes bactériens et fongiques plus ou moins mutualistes ou symbiotiques, associée à la plupart des plantes[2] :

  • une partie du microbiote, dite « rhizosphérique » est intimement associée aux racines ;
  • une autre part est externe (épiphyte, c'est-à-dire sur les écorces, les tiges et les feuilles des plantes[3] ; dans ce dernier cas, les micro-organismes symbiotes sont presque toujours uniquement en surface immédiate de la feuille dite « phyllosphère » ou de la tige dite « caulosphère », ou des micro-habitats spécifiques comme l'anthosphère pour les fleurs, la carposphère pour les fruits et la spermosphère pour les graines).
  • une dernière part, composée de micro-champignons ou de bactéries endophytes (endosphère), vit pour tout ou partie à l'intérieur des feuilles ou de certaines cellules végétales (dans les céréales notamment).

Le microbiome de la plante est appelé phytobiome.

Ce microbiote est étudié depuis au moins les années 1950[4] et fait l'objet de nombreuses découvertes.

L'un des enjeux d'une meilleure connaissance du microbiote des végétaux est de l'utiliser comme allié en agriculture, voire pour la dépolluer des sols ou de l'eau (pollution azotée en particulier, responsable de l'acidification et de l'eutrophisation et d'un appauvrissement de nombreux habitats et écosystèmes).

  1. ↑ Erreur de référence : Balise <ref> incorrecte : aucun texte n’a été fourni pour les références nommées Doty2016
  2. ↑ (en) Murali Gopal & Alka Gupta, « Microbiome Selection Could Spur Next-Generation Plant Breeding Strategies », Front. Microbiol., vol. 7, no 1971,‎ (DOI 10.3389/fmicb.2016.01971).
  3. ↑ Rastogi G., Coaker G.L. & Leveau J.H., 2013 - New insights into the structure and function of phyllosphere microbiota through high-throughput molecular approaches. FEMS microbiology letters, 348(1), 1-10
  4. ↑ Morris, C. E., & Kinkel, L. L. (2002). Fifty years of phyllosphere microbiology: significant contributions to research in related fields. Phyllosphere microbiology, 365-375.

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